Santé | Coronavirus : “Plusieurs hypothèses sur l’origine animale du virus” – Le Républicain Lorrain

Alexandre Hassanin est maître de conférence à Sorbonne Université et chercheur en biologie évolutive au Muséum national d’Histoire naturelle. Il détaille les recherches sur l’origine animale du Sars-Cov-2.

Que sait-on sur l’origine du virus SARS-Cov-2, responsable de l’épidémie covid-19 ?

“Plusieurs hypothèses ont été avancées pour expliquer son origine et sa transmission à l’homme, sans qu’il soit possible à l’heure actuelle d’avoir des certitudes. Ce virus appartient au groupe des Betacoronavirus, au sein duquel il est proche du SARS-Cov, un virus à l’origine de l’épidémie de Sras en 2003, laquelle avait aussi commencé en Chine. Il est fort probable que le réservoir de ce nouveau virus soit aussi une chauve-souris du genre Rhinolophus, car ces animaux vivent en colonie dans des grottes et un grand nombre de séquences proches des virus humains ont été découverts chez ces chauves-souris.”

Qu’est-ce qu’un réservoir ?

“On appelle réservoir une espèce peu ou pas sensible au virus, dont les représentants ne développent pas de symptômes de la maladie. Du coup, le virus est libre d’évoluer dans les populations de cette espèce réservoir. Il peut ensuite au grè des circonstances sauter vers un ou plusieurs hôtes dits sensibles, dont les représentants vont développer des symptômes de la maladie. Dans le cas de l’épidémie de Sras de 2003, le virus a migré de la chauve-souris réservoir Rhinolophus sinicus vers l’homme, probablement en passant par un hôte intermédiaire, la civette palmiste à masque (Paguma larvata).”

Y a-t-il eu transmission directe des chauves-souris à l’homme dans le cas du SARS-Cov-2 ?

“Cette première hypothèse de transmission directe d’une chauve-souris vers l’homme est soutenue par la découverte d’un coronavirus isolé à partir d’une chauves-souris de l’espèce Rhinolophus affinis collectée dans la province du Yunan en 2012, dont le génome présente 96% d’identité avec celui du virus humain SARS-Cov-2 .

Cependant, les séquences du gène de la protéine S, exprimée au niveau de la membrane virale, sont  très différentes entre les virus de la chauve-souris et de l’homme. Or, une courte région de cette protéine S est la clef qui permet au virus d’entrer dans les cellules humaines et donc de les infecter. Cela rend l’hypothèse de la transmission directe à l’homme plus fragile, même si la découverte de nouvelles souches virales de chauve-souris, présentant cette fois-ci une protéine S plus proche du SARS-Cov-2, pourrait rapidement réhabiliter cette hypothèse.”

Et la transmission par le pangolin ?

“Cette deuxième hypothèse repose sur le séquençage de plusieurs coronavirus chez le pangolin malais (Manis javanica), qui présentent entre 90 et 91% d’identité avec le SARS-Cov-2. C’est moins que la chauve-souris, mais dans certains de ces génomes la clef au niveau de la protéine S est très proche de celle du SARS-Cov-2. Cela suggère qu’une chauve-souris a pu infecter par le passé un pangolin, qui aurait ensuite à son tour infecté l’homme. Le problème avec cette hypothèse est que le pangolin malais n’est pas censé être présent dans les forêts à proximité de la ville de Wuhan. Il est présent plus au Sud de la Chine ou dans les autres pays limitrophes, tels que Myanmar, Thaïlande, Laos et Vietnam. Cela signifie donc que, soit le cas index humain (la première personne contaminée) a voyagé du Sud pour se rendre à Wuhan, soit des pangolins malades ont été transportés du Sud vers Wuhan.”

 Cela signifie qu’il s’agit d’animaux fruits d’un trafic d’espèce sauvages ?

“Les pangolins sont des espèces menacées d’extinction, car ils font l’objet d’un âpre trafic pour leurs écailles, auxquelles les populations d’Asie attribuent des vertus aphrodisiaques.

Tous les pangolins testés pour la présence de coronavirus par les chercheurs chinois ont été saisis par les douanes et la plupart étaient malades. Sachant que ces animaux sont solitaires, on peut penser qu’ils ont contracté le virus lors de leur détention en cage à proximité de leurs congénères et/ou de la chauve-souris réservoir.”

D’où vient cette polémique sur la fabrication du virus en laboratoire ?

“Elle se fonde sur plusieurs éléments, mais semble peu crédible. Certaines personnes mettent bout à bout plusieurs éléments disparates pour en faire une hypothèse. En 2015, une équipe de chercheurs américains et chinois avait créé un virus chimère en laboratoire pour vérifier que le SARS-Cov pouvait se transmettre directement de la chauve-souris à l’homme. Dans cette équipe figurait deux chercheurs d’un laboratoire P4 de Wuhan (situé à proximité du marché épicentre de l’épidémie en décembre 2019). Ces chercheurs sont aussi ceux qui ont publié le génome du virus de la chauve-souris Rhinolophus affinis, qui reste actuellement la séquence la plus proche du SRAS-Cov-2. D’où la théorie selon laquelle ces mêmes chercheurs auraient créé un nouveau virus de toute pièce.

Lorsque l’on construit un virus chimère en laboratoire, on utilise généralement deux virus connus, c’est-à-dire déjà séquencés. Dans le cas du SRAS-Cov-2, la séquence nucléotidique de son génome n’est retrouvée pour partie dans aucun des génomes répertoriés dans les banques de données. Cette hypothèse d’un virus crée en laboratoire n’est donc pas soutenue par l’analyse des séquences.”

Que peut apporter la recherche sur le terrain ?

“Pour mieux comprendre les rôles respectifs des chauves-souris et des pangolins dans la transmission à l’homme, il conviendra d’étudier la diversité et la prévalence de virus proches SARS-Cov-2 chez des chauves-souris et des pangolins collectés dans leur milieu naturel.

Une telle étude n’aura évidemment pas d’intérêt pour trouver un remède ou un traitement contre la maladie covid-19, mais elle permettrait, d’une part, de mettre fin aux rumeurs suggérant une origine en laboratoire du virus, et d’autre part, de mieux comprendre la dynamique évolutive de ce groupe de virus.”

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